L’abbazia di S. Emiliano a Congiuntoli sorge alla confluenza tra il Rio Freddo e il fiume Sentino, lungo la strada Scheggia-Sassoferrato. In epoca antica (cioè dalla seconda metà dell’XI secolo), era direttamente legata a Fonte Avellana, al punto che lo stesso Pier Damiani vi mandò, in qualità di priore, S. Domenico Coricato, “celebre per le sue virtù eremitiche e per le sue aspre penitenze”.
La prima notizia documentaria del monastero risale all’anno 1110 (in cui si fa riferimento ad una sua dedicazione a S. Benedetto) e ancora lo si menziona, nell’anno 1143, in un diploma di papa Celestino II. Secondo gli studiosi, al primo periodo insediativo risalirebbero il corpo architettonico, sul quale venne successivamente eretta la torre, probabilmente corrispondente alla chiesa abbaziale a navata unica (oggi è adibito a locale per usi rurali) con abside e coperture ogivali su lesene. “In epoca imprecisata questo vano fu suddiviso in due piani, creando, al piano inferiore, un ambiente voltato a botte a tutto sesto”. Un radicale ampliamento comportò poi l’abbattimento dell’antica abside e l’aggiunta di un altro ambiente, più largo e collegato alla zona antica da due pilastri ottagonali. La data di questo intervento è rilevabile da un’epigrafe murata sopra una monofora inserita nella parete che si affaccia sul torrente. “Nella facciata sono invece incise due date, 1201 e 1202”, che gli studiosi associano alla realizzazione di questo tratto della fabbrica monasteriale. Anche questa chiesa abbaziale sorge in posizione amena, alla confluenza di due torrenti; è difficile non pensare all’accorta strategia ubicatoria del complesso, senza legarla allo sfruttamento dell’acqua. La struttura è ora in restauro. Il complesso, nella sua interezza, denuncia vari interventi. A vista nulla sembra rimanere della struttura romanica. All'esterno, il complesso degli edifici si presenta, verso la strada di accesso, come una struttura fortificata; spicca la torre, che si distacca, per modi costruttivi, dal resto dell'edificio: l’odierna chiesa si erge sul lato sinistro del complesso (rispetto alla strada di approccio), arretrata rispetto alle altre massicce costruzioni ed è pure costruita in pietra chiara, in forme “protogotiche” (le poche decorazioni esterne consistono in una cornice sottotetto ad archetti sporgenti trilobati e alte e ampie finestre ogivali aperte sul fianco visibile della chiesa). L’interno è stato fortemente alterato dalla costruzione, nel XIII secolo, di una navata laterale divisa da quella presumibilmente più antica, e che doveva essere l’unica della costruzione romanica, da due massicci pilastri poligonali in pietre ben squadrate bianche a sostegno delle volte a crociera. La terminazione non è absidata. Nessuna traccia di probabile cripta.